Los primeros datos que se tienen de su nombre vienen de los escritos españoles del siglo XVI, y no quedó muy claro del todo su escritura correcta. Tan pronto se utilizaba Cuzco como Cusco. De hecho, en muchos mapas de la época se puede ver el término Cusco hasta muchas décadas después. Incluso algunos autores la denominaron Cozco. Se supone que Cuzco fue el sonido que representaron los españoles cuando lo escucharon por primera vez y de ahí su escritura. Aunque el sonido de la ‘z’ para los indígenas representaba una ‘s’. Y el término Cuzco continuó predominando hasta la mitad del siglo XX cuando la Academia Mayor de la Lengua Quechua cambió la forma oficial del nombre de la ciudad.
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La fundación de la ciudad se atribuye a su primer jefe de estado, un personaje llamado Manco Cápac. Cuenta la historia que, debido al colapso que experimentó el reino de Tiahuanaco, se produjo una migración de su pueblo. Eran cerca de 500 habitantes, que se establecieron en el valle del río Huatanay. Ahí fue donde se fundó la ciudad de Cuzco. Aunque no hay datos concretos de la fecha. Pero se sabe que la zona ya estaba habitada hace más de 3.000 años. Como emplazamiento inca, aparece como la ciudad habitada más antigua de toda América. Muchas etnias, como los ‘guallas’, los ‘antasayas’ y los ‘sahuasiray’ habitaron la zona mucho antes que los incas. De hecho, los ‘ayarmacas’ fueron derrotados por los mismos incas, siendo sus principales enemigos.
Cuzco se convirtió en la ciudad más importante de los Andes y de América del Sur. Consiguió un auge duradero y fue el principal foco cultural y religioso de la zona. Gracias a Pachacútec su importancia como centro espiritual y religioso se acentuó. Llegó al poder en 1438, y tanto él como su hijo Túpac Yupanqui, dedicaron cinco décadas a la organización y conciliación de los diferentes grupos tribales de la zona y que estaban bajo su dominio. Ese dominio llegó incluso hasta Quito (Ecuador). Esa importancia fue reconocida por los primeros conquistadores españoles de la zona, que vieron como una premisa importante tomar la ciudad. Tras conquistar Cajamarca (Perú) iniciaron su marcha hacia Cuzco. Un 23 de marzo de 1534, Francisco Pizarro fundó la ciudad de Cuzco, estableciendo a la Plaza de Armas como el núcleo principal y centro administrativo de la ciudad, que hoy todavía sigue estando vigente.
De todas formas las luchas por el control de la ciudad se alargaron muchos años. La ciudad era un lugar idóneo de paso para el comercio entre norte y sur, desde Lima a Buenos Aires. El Virreinato decidió centralizar la administración en Lima, que fue fundada dos años después que Cuzco, debido a su cercanía con el puerto natural de Callao. La población mayoritaria del Cuzco siempre fue indígena, aunque muchos españoles se ubicaron en la zona. El mestizaje tomó forma y es uno de sus atractivos culturales en la actualidad. Un terremoto en 1650 destruyó buena parte de los edificios coloniales.
Cuando Perú declaró su independencia en 1821 la ciudad de Cuzco conservó su importancia dentro de la organización político administrativa del país. A partir de comienzos del siglo XX su desarrollo urbano prosperó a un muy buen ritmo, y sigue siendo constante hoy en día. La ciudad se extendió por los distritos vecinos de Santiago y Wanchaq. Pero sin duda, el suceso que marcó el desarrollo de la zona lo protagonizó la expedición de Hiram Bingham en 1911. El descubrimiento de Machu Picchu supuso una revolución para la industria del turismo desde entonces, pero sobre todo en las últimas décadas del siglo XX. En la actualidad, la zona de Cuzco es una de las más visitadas de todo el continente americano.